Svet zavoda OŠ Šempeter v Savinjski dolini (v nadaljevanju: Svet zavoda) sestavljajo trije predstavniki ustanovitelja, pet predstavnikov delavcev šole in trije predstavniki staršev. Svet zavoda imenuje in razrešuje ravnatelja, sprejema program razvoja šole, Letni delovni načrt in poročilo o njegovi uresničitvi. Odloča o uvedbi nadstandardnih in drugih programov, obravnava poročila o vzgojni oziroma izobraževalni problematiki, odloča o pritožbah v zvezi s statusom učencev, o pritožbah v zvezi s pravicami, obveznostmi delavcev iz delovnega razmerja, obravnava zadeve, ki mu jih predloži učiteljski zbor, šolska inšpekcija, reprezentativni sindikat zaposlenih, Svet staršev, skupnost učencev. Opravlja tudi druge naloge, ki so določene z zakonom in aktom o ustanovitvi. Predsednik Sveta zavoda je Bojan Lenart.